SFC版のゲームシステムやストーリーを継承しているが、通信機能を生かした後述の「モンスターメダル」などのオリジナル要素が追加されている。
戦闘画面では背景は表示されないが、呪文などの効果やモンスターのアニメーションをSFC版から受け継いている。
いつでもゲーム途中の状態をセーブして中断することができる「中断の書」機能が追加された。

ストーリーはFC版に基づいているが、『I・II』のときと違い、FC版と比べ大幅な要素の追加・変更が行われている。
「性格」や「すごろく場」が追加されたほか、アイテムが多数増加し、中には「ルーズソックス」など発売当時の流行を反映したアイテムも登場した。
店の品揃え、ボスモンスターのステータス、モンスターから得られるアイテムなどの変更も行われている。

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