◆海都ルート、深都ルート、真EDルートの三種類に分岐している。

[ルート突入条件]
　第三階層のミッションで、海都の「巨兵ゲートキーパーを討て！」を受ける。

[ルート特徴]
　海都側に組する内容。ミッションクリア後、隠し職業の「ショーグン」が開放される。

[ルート突入条件]
　第三階層のミッションで、深都の「巨兵ゲートキーパーを護れ！」を受ける。

[ルート特徴]
　深都側に組する内容。ミッションクリア後、隠し職業の「アンドロ」が開放される。

[ルート突入条件]
1.第二階層をクリアして深都を発見した後、オランピアとの会話で「他言しないと約束する」を選択する。

2.元老院では「深都を見つけたと告げる」を選択する。

3.「海都・深都ルート」どちらでも良いので進めて行き、第四階層のミッション「不凋花アマラントスを探せ！」もしくは「祭祀殿の碑文を読み解け！」をクリアする。
⇒その後、海都でクジュラから「空の玉腕」、深都でオリンピアから「星海の欠片」を入手する。

4.第四階層クリア後、第五階層のメインミッションを受けずにB10Fにいたフカビトの真祖のところに行く。
⇒「白亜の供物」と「異界の印」を入手。

5.B20F、マップ左下(E-3)のボス部屋でイベント。

6.B16F北東(B-7)の扉から進み、奥で「真ラスボス」と戦闘になる。

[ルート特徴]
　ボスが強力なため、2周目以降を推奨。

◆世界樹の迷宮3 攻略